软件著作权登记申请有两种方式，
一是自行向中国版权保护中心提出申请；
二是委托专业代理机构代为提交申请。

软件著作权登记申请的文件多而杂，往往容易出现错误或者表达不一致的情况，而专业代理机构（木子版权代理）能准确把握申请文件的要点，以避免在申请过程中补正，达到节省人力与申请周期。 

软件著作权登记前需要准备好相关的资料，具体有：
软件的源程序及文档；
软件的名称及版本号、开发完成时间、发表时间；
软件运行环境（指软件运行的硬件和软件环境）；
软件开发使用的编程语言的名称及版本号、源程序总行数；
软件的主要功能、用途和技术特点作简要说明。 

根据基本资料准备申请文件，向中国版权保护中心提交申请，同时要缴纳申请费用。 中国版权保护中心在收到相应的申请费后将于受理本次所申请软件著作权登记。 在受理后进入审查本次软件著作权登记所提供的相关申请文件，审查通过并发证。